手書きでコメントを入れることはできますか?

はい、裏面(印刷面)に直接、手書きで記載できます。
ただし、一部のボールペンでは、紙質とインクの相性により、インクが乗りづらい場合があります。
また、水性ペンでは手などに触れた際、文字が消えたりかすんだりする場合がありますので、ご注意ください。